大腸、肛門の機能の異常・低下によって起こる便秘です。機能性便秘はさらに、以下の3タイプに分けられます。

弛緩性便秘

腸管の緊張が緩み、蠕動運動（内容物を先へ送り出す運動）が十分に機能しないために、便が長く大腸に留まって起こる便秘です。長く大腸に留まった便は、水分がどんどんと吸収され、硬くなります。
原因としては、運動不足、食物繊維の不足、腹筋力の低下、水分不足、無理なダイエットなどが挙げられます。
女性、ご高齢の方に多いタイプの便秘です。

けいれん性便秘

腸管の緊張が過度になり、大腸が強く収縮することで、便の通過性が低下して起こる便秘です。コロコロとした、ウサギのフンのような便が特徴です。便秘と下痢を交互に繰り返すケースも見られます。
原因としては、ストレス、過敏性腸症候群などが挙げられます。

直腸性便秘

便が直腸に到達すると、通常はセンサーが働き便意が生じます。直長性便秘は、このセンサーがうまく機能しないことで便意・排便が起こらず、直腸に便が溜まっていってしまう便秘です。
原因としては、痔やトイレに立つ恥ずかしさ、寝たきりなどの理由により排便を我慢する習慣が挙げられます。
また、温水洗浄便座を使用する際の、水を肛門の中にまで入れる習慣も、センサーの感度が低下する原因になると言われています。